マルチノードSciDBのインストール

提供: 静岡大学 横山研究室
2017年11月1日 (水) 11:11時点におけるTakeru Sakai (トーク | 投稿記録)による版 (SciDBのアンインストール)
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SciDB

参考URL

https://paradigm4.atlassian.net/wiki/spaces/ESD169/pages/50856180/SciDB+Community+Edition+Installation+Guide

はじめに

SciDBはUbuntu12.04,14.04またはCentOS6にのみインストールすることができる.
今回はCentOS6へのインストールを行う.Ubuntuへのインストールは参考URLを見てほしい.
また,今回はマシンを7台使用する.それぞれ以下のように固定IPを割り振っている.
Bell00:192.168.100.100(ホストマシン)
Bell01:192.168.100.101
Bell02:192.168.100.102
Bell03:192.168.100.103
Bell04:192.168.100.104
Bell05:192.168.100.105
Bell06:192.168.100.106

SciDBのダウンロード

今回使用するのは最新版のscidb-16.9.5.24119eb.tgzである.

FILE_ID=0Bx6-HAs-dV5CQjlZZDJpamY0dEk
FILE_NAME=scidb-16.9.5.24119eb.tgz
curl -sc /tmp/cookie "https://drive.google.com/uc?export=download&id=${FILE_ID}" > /dev/null
CODE="$(awk '/_warning_/ {print $NF}' /tmp/cookie)"  
curl -Lb /tmp/cookie "https://drive.google.com/uc?export=download&confirm=${CODE}&id=${FILE_ID}" -o ${FILE_NAME}
SciDBをインストールするための準備

ダウンロードしてきたファイルは/scidb/scidbtrunkの中に置き,解凍する.

cd scidb/scidbtrunk; tar -xvzf scidb-16.9.5.24119eb.tgz

ExpectとSSHパッケージをインストールする.

sudo yum -y install expect openssh-server openssh

SSHサーバを起動する.
サーバの状態は以下のコマンドで確認できる.

sudo service sshd status 

サーバが停止していた場合起動させる.

sudo chkconfig --add sshd
sudo chkconfig sshd on
sudo service sshd start 

サーバが起動していた場合再起動を行う.

sudo service sshd restart

全てのポートでSciDBとの通信を許可する.
iptableを止める.

sudo chkconfig --del iptables
sudo chkconfig iptables off
sudo service iptables stop

SSHをパスワードなしに設定する.
入力を要求される部分は全て入力せずにエンターを押す.

cd ~
ssh-keygen
chmod 755 ~
chmod 755 ~/.ssh

その後,以下のコマンドを実行する.パスワードが要求されるため,rootとuserそれぞれのパスワードを入力する.

cd scidb/scidbtrunk
deployment/deploy.sh access root "" "" 192.168.100.100 192.168.100.101 192.168.100.102 192.168.100.103 192.168.100.104 192.168.100.105 192.168.100.106
deployment/deploy.sh access <user_name> "" "" 192.168.100.100 192.168.100.101 192.168.100.102 192.168.100.103 192.168.100.104 192.168.100.105 192.168.100.106

Buildするツールをインストールする.

cd scidb/scidbtrunk
deployment/deploy.sh prepare_toolchain 192.168.100.100

エラー対策のため以下のコマンドを実行する.
文字コードの問題を解決する.

sudo yum -y install python-pip.noarch
sudo vi /usr/lib/python2.6/site-packages/sitecustomize.py

以下を書き込んで保存.

import sys
sys.setdefaultencoding('utf-8')

pythonを起動し,以下のコマンドでutf-8になっていることが確認できたら成功.

$ python
>>> import sys
>>> sys.getdefaultencoding()
'utf-8'

また,rootでvisudoを実行し,以下を最後に追加する.<user_name>はユーザー名を入力.

visudo
<user_name> ALL=(ALL) NOPASSWD:ALL

以上で以下のコマンドが問題なく実行できるはずである.

cd scidb/scidbtrunk
deployment/deploy.sh prepare_chroot <user_name> 192.168.100.100

Postgresをインストールする.

cd scidb/scidbtrunk
deployment/deploy.sh prepare_postgresql postgres postgres 192.168.100.100/24 192.168.100.100

postgres userがSciDBにアクセスできるようにする.

sudo usermod -G <user_name> -a postgres
chmod g+rx scidb

その後,次のコマンド実行しアクセスできるかを確認する.(scidbはディレクトリ)

/usr/bin/sudo -u postgres ls scidb 

以上の操作を各マシンにおいて行う.(IPアドレス部分を変更する)

SciDBのインストール

マルチノードSciDBのインストールを行う.
まず,SciDBのビルドを行う.

cd scidb
./scidbtrunk/deployment/deploy.sh build RelWithDebInfo /tmp/packages

次にインストールを行う.
あらかじめdbgパッケージを移動しておく.

mkdir /tmp/dbg_packages
mv /tmp/packages/*dbg* /tmp/dbg_packages

パッケージのインストールを行う.

cd scidb/scidbtrunk
./deployment/deploy.sh scidb_install /tmp/packages 192.168.100.100 192.168.100.101 192.168.100.102 192.168.100.103 192.168.100.104 192.168.100.105 192.168.100.106

Scidb_prepareの設定を行う.7はノード数.

cd scidb/scidbtrunk
./deployment/deploy.sh scidb_prepare sakai "" mydb mydb mydb /home/scidb/mydb-DB 7 default 1 default 192.168.100.100 192.168.100.101 192.168.100.102 192.168.100.103 192.168.100.104 192.168.100.105 192.168.100.106
SciDBのアンインストール
cd scidb/scidbtrunk
deployment/deploy.sh scidb_remove /tmp/packages 192.168.100.100 192.168.100.101 192.168.100.102 192.168.100.103 192.168.100.104 192.168.100.105 192.168.100.106
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